Ngày 29 tháng 8 năm 1994, Chính phủ ban hành Nghị định số 112-CP[1] về việc thành lập phường Minh Khai trên cơ sở điều chỉnh 460 ha với dân số 5.431 người của phường Trần Phú.

Phường Minh Khai có diện tích tự nhiên 460 ha, dân số 5.431 người, được chia thành 6 cụm với 32 tổ dân phố.

Ngày 27 tháng 9 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết 35/NQ-CP[4] về việc thành lập thành phố Hà Giang thuộc tỉnh Hà Giang. Phường Minh Khai trực thuộc thành phố Hà Giang.